Las elecciones fueron nuevamente ganadas por los blancos, aunque el margen entre éstos y los colorados se redujo: de 120.000 votos hacía cuatro años, pasaron a 23.000 sufragios de diferencia.

El nuevo Consejo Nacional de Gobierno fue integrado por Daniel Fernández Crespo, Washington Beltrán, Carlos María Penadés, Héctor Lorenzo y Losada (UBD), Luis Giannattasio, Alberto Heber Usher (Herrerismo ortodoxo), Alberto Abdala, Amílcar Vasconcellos y Óscar Gestido (Partido Colorado).

Este segundo gobierno blanco fue pronto víctima de las enemistades internas. La alianza entre la UBD y el Herrerismo ortodoxo pronto sucumbió, y los ministros blancos comenzaron a ser interpelados por los senadores de su propio partido.

La situación económica internacional fue adversa a Uruguay, ya que la Comunidad Europea comenzó a subsidiar a sus productores y aumentó los aranceles, la URSS lanzó un programa para aumentar la producción de carne y de leche, al tiempo que países como Australia y Nueva Zelanda aumentaron su productividad. Los precios internacionales cayeron. En 1963 el Banco República debió devaluar la moneda, y el dólar pasó a valer 16,50 pesos. La conflictivdad aumentó, y las huelgas, paros u ocupaciones se hicieron comunes (entre enero de 1964 hasta marzo de 1965 se contabilizaron 650 movilizaciones). En 1964 se formó la Convención Nacional de Trabajadores, organismo de coordinación entre los sindicatos dentro de la Central de Trabajadores del Uruguay (CTU) y los sindicatos no afiliados a ella (por ejemplo, los bancarios o los trabajadores de la carne). El año 1965 fue devastador. Se inició con una intensa sequía que afectó al país durante el verano y perduró hasta otoño, con las consiguientes pérdidas económicas en la actividad agropecuaria y la producción de energía. Además, ese mismo año quebró el Banco Transatlántico, arrastrando tras sí al sistema bancario nacional (Banco Atlántico, Banco Uruguayo de Administración y Crédito, Banco de Producción y Consumo, etc.). Con la crisis salieron a luz varias prácticas fraudulentas, como, por ejemplo, la textil CUOPAR, que tenía vinculaciones dolosas con el Departamento de Negocios con el Exterior del Banco de la República, o "las bolsas negras", que eran créditos especiales concedidos a varias personalidades políticas. El Gobierno debió soportar un sismo político al tiempo que la Asociación de Bancarios del Uruguay declaraba la huelga general. El Gobierno continuó con su política liberal, pero la economía no logró ser controlada, y en 1966 la deuda aumentó producto del año electoral (como había sucedido en 1962), al igual que la inflación (entre diciembre de 1964 y mismo mes de 1965 los precios aumentaron 88%).

También contribuyó a empeorar la situación la muerte, en 1964, de los principales líderes políticos del país: Benito Nardone, Luis Batlle Berres, Javier Barrios Amorín, Daniel Fernández Crespo (todas muertes acaecidas en un período de tres meses) y el retiro de la política de César Batlle Pacheco, que moriría en 1966.

Por otra parte, la movilización obrera provocó la implementación en varias ocasiones de las Medidas Prontas de Seguridad por parte del Gobierno (por ejemplo, en febrero de 1963, a raíz de la huelga de los trabajadores de UTE, o en octubre de 1965, ante la presión ejercida por los gremios para aumentar los salarios). Durante el segundo colegiado blanco fue tomando forma el movimiento obrero, y a la creación en 1964 de la ya mencionada CNT le siguió la realización del Congreso del Pueblo en 1965, donde se proponían las salidas a la crisis, lo que desembocaría con el establecimiento, en 1966, de la CNT como central única de trabajadores.

En este segundo gobierno blanco tomaron lugar robos que luego se sabría eran obra de la guerrilla urbana tupamaros. Se puede señalar el robo de armas del Club de Tiro Suizo de Nueva Helvecia (considerado el primer acto de los tupamaros), el bombardeo de la embajada de Brasil después del golpe de Estado en dicho país, atentados con bombas a domicilios de integrantes del Consejo Nacional de Gobierno y a sucursales de bancos estadounidenses, etc. Además, por estos años se llevaron a cabo las marchas cañeras, manifestaciones de trabajadores de la caña de azúcar de Artigas, que reclamaron en Montevideo por los despidos masivos. Estos trabajadores eran dirigidos por Raúl Sendic, al punto de que la consigna de la movilización era "por la tierra y con Sendic".