En estas elecciones, los blancos triunfaron con el 49.7 por ciento de los votos, lo que representa 499.425 ciudadanos, y los colorados obtuvieron un 37.7 por ciento, lo que equivale a 379.062 sufragios.

Sin embargo, el cambio de mando de un partido político a otro estuvo signado por la intranquilidad. Como ejemplo se puede hablar del relato de Líber Seregni, líder político que por ese entonces era coronel, al periodista Alfonso Lessa, en el que cuenta que algún militar colorado le propuso a Luis Batlle Berres no entregar el poder, y éste respondió echándolo "a patadas en el culo" (así se expresó el testigo).

El primer año de gobierno blanco fue bastante complicado.
En abril de 1959 se desataron graves inundaciones en los departamentos del litoral y del centro del país. El gobierno aplicó Medidas Prontas de Seguridad entre el 15 de abril y el 23 de junio. Tuvo que racionarse el consumo de energía, se creó una Comisión Pro-Damnificados, para obtener recursos se lanzó un Empréstito Patriótico y se modificaron los horarios laborales. Las consecuencias fueron catastróficas: se calcularon 41.000 personas desplazadas, además de pérdidas económcias y materiales millonarias.

Además, en poco tiempo la alianza entre el herrerismo y el ruralismo se quebró, y comenzaron los ataques entre un sector y otro. El 8 de abril de 1959 falleció Luis Alberto de Herrera.

Los blancos habían llegado al poder con la promesa de desmantelar el modelo neobatllista, caracterizado por la intervención del Estado y numerosos subsidios, además del tipo de cambio múltiple (esto significaba que el dólar tenía distinto valor dependiendo de la actividad de quien comprara o vendiera). En este sentido, los blancos implementaron una política económica que apuntaba a liberar la economía. El 17 de diciembre de 1959, fue aprobada la reforma cambiaria del ministro de Hacienda Juan Eduardo Azzini, en la que, entre otras cosas, se eliminaba el poder del Estado de fijar los tipos de cambio (a partir de ese momento el valor de las monedas sería fijado por la oferta y demanda), se sustituía el tipo de cambio múltiple por aranceles aduaneros y nuevos subsidios, y se devaluó la moneda, que pasó de 4,11 pesos por dólar a 11 pesos. Como producto de esta reforma, que significaba un duro golpe al Estado benefactor (o al menos esa era la percepción de la opinión pública de la época), se disparó la conflictividad social y en 1961 apareció la CTU (Central de Trabajadores del Uruguay). El resultado inmediato de la reforma fue una inflación del 49 por ciento, producto de la devaluación, pero en los siguientes dos años, fue moderada.

En materia de política internacional, Uruguay confirmó ser un país influenciado por Estados Unidos. Por ejemplo, en Punta del Este se llevaron a cabo las reuniones que crearon la Alianza para el Progreso, y en 1961 Uruguay declaró personas no gratas al embajador cubano y al primer secretario de la embajada de la URSS, y el año siguiente, nuevamente en Punta del Este, se realizó la VIII Reunión de Consulta de Cancilleres, en la cual se decidió la expulsión de Cuba de la OEA. De este primer gobierno blanco también datan las primeras cartas de intención firmadas con el FMI. Aunque también se debe destacar la visita de Fidel Castro en 1959 (antes de que se declarara marxista-leninista) y de Ernesto Guevara en 1961. Este último personaje dio un discurso en el Paraninfo de la Universidad, en el que desconcertó a todos los uruguayos, al afirmar que la fuerza era la última herramienta y que sólo debía ser usada contra el que la ejerce indiscriminadamente, además de resaltar las condiciones democráticas del Uruguay. Al salir del Paraninfo, Guevara ingresó en un auto en medio de la muchedumbre, y en una esquina, desde el Gimnasio Universitario, partieron varios disparos. Cuando se disipó la multitud, se pudo constatar que el profesor de historia Arbelio Ramírez había sido muerto por las balas destinadas a Guevara. En su sepelio se distribuyeron volantes amenazantes firmados por el MEDL (Movimiento Estudiantil por la Defensa de la Libertad), grupo de ultraderecha, aunque hay versiones que dicen que Ramírez fue ultimado por izquierdistas. Durante este primer gobierno blanco también se acabó con el largo litigio mantenido con Argentina sobre los límites fluviales. El 30 de enero de 1961 se firmó una declaración conjunta por la que se estableció el límite exterior del Río de la Plata, en la que se consolidaba la soberanía doble y compartida sobre las aguas, así como se afirmaba que el Plata constituía en todo su curso un río hasta la desembocadura en el océano Atlántico. Meses después, el Gobierno inglés presentó una protesta por esta resolución, sosteniendo que las aguas eran un estuario, y que a partir de 6 millas de la costa, eran internacionales.